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Mountain Lion以降のOS Xでは、システム環境設定の「Mission Control」に「ウィンドウをアプリケーションごとにグループ化」の項目が追加されました。
このチェックを外せば、デスクトップ上のすべてのウィンドウが小さくなり、一覧表示できるようになります。
▲すべてのウィンドウを一覧で表示できる
これまでは、アプリごとにウィンドウがまとまっていたので、複数のウィンドウを使っていたアプリの場合、最前面に表示させたいウィンドウではないものを間違ってクリックしてしまうことがありました。
すべてのウィンドウが一覧で表示されていれば、間違えることもなさそうです。
使い方によっては、アプリごとにウィンドウがまとまっていた方がいい場合もありますので、お好みで設定を切り替えてください。